總公司和分公司分別位于不同的省，且總公司和分公司的企業(yè)所得稅稅率不同，怎么匯總繳納企業(yè)所得稅呢？
國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號）第十八條規(guī)定，對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分?jǐn)偙壤嬎銊澐植煌惵实貐^(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應(yīng)納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額，最后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分?jǐn)偙壤?，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分?jǐn)偩偷乩U納的企業(yè)所得稅款。
國家稅務(wù)總局公告2012年第57號第六條和第十五條規(guī)定如下：
第六條 匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分?jǐn)?，各分支機構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分?jǐn)偫U納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預(yù)[2012]40號文件第五條等相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
第十五條 總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分?jǐn)偹枚惪畹谋壤?；三級及以下分支機構(gòu)，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。
計算公式如下：
某分支機構(gòu)分?jǐn)偙壤?（該分支機構(gòu)營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30
分支機構(gòu)分?jǐn)偙壤瓷鲜龇椒ㄒ唤?jīng)確定后，除出現(xiàn)本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當(dāng)年不作調(diào)整。
根據(jù)上述規(guī)定，跨省的總分公司企業(yè)所得稅稅率不同，匯總納稅時需要進行二次分配，為了易于理解具體如何二次分配，下面我們舉例說明：
甲公司在北京注冊成立，分公司A在拉薩注冊成立，分公司B公司在山東青島注冊成立，甲公司總機構(gòu)和分公司B的企業(yè)所得稅稅率為25%，分公司A的企業(yè)所得稅執(zhí)行西部大開發(fā)優(yōu)惠稅率15%；2017年分公司A的營業(yè)收入為1000萬、職工薪酬為80萬和資產(chǎn)總額2000萬；2017年分公司B的營業(yè)收入為3000萬、職工薪酬為220萬和資產(chǎn)總額5000萬；
2018年二季度：
分公司A的利潤總額為40萬元；分公司B的利潤總額為100萬元，甲公司的利潤總額為1000萬元。
總分公司二季度預(yù)繳企業(yè)所得稅的計算如下：
1、分公司的分?jǐn)偙壤?
分公司A的分?jǐn)偙壤?（分公司A營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（分公司A職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（分公司A資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30=[1000/（1000+3000）×0.35+80/（80+220）×0.35+（2000／（2000+5000）×0.30]=0.266547619
分公司B的分?jǐn)偙壤?（分公司B營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（分公司B職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（分公司B資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30=[3000/（1000+3000）×0.35+220/（80+220）×0.35+（5000／（2000+5000）×0.30]=0.733452381
注：國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表（A類，2018年版）》等報表的公告（國家稅務(wù)總局公告2018年第26號）附件A202000《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)所得稅分配表》填報說明規(guī)定：“分配比例”（即分?jǐn)偙壤┨顖蠓峙浔壤龖?yīng)保留小數(shù)點后十位。
2、第一次分配應(yīng)納稅所得額：
甲公司匯總總分公司應(yīng)納稅所得額：1000+100+40=1140萬元
甲公司總機構(gòu)分配的應(yīng)納所得額=1140×50%=570萬元
A分公司分配的應(yīng)納所得額=1140×50%×0.266547619=151.93萬元
B分公司分配的應(yīng)納所得額=1140×50%×0.733452381=418.07萬元
3、計算總分公司的應(yīng)納企業(yè)所得稅：
甲公司總機構(gòu)分配的企業(yè)所得稅=570萬元×25%=142.5萬元
A分公司分配的企業(yè)所得稅=151.93萬元×15%=22.79萬元
B分公司分配的企業(yè)所得稅=418.07萬元×25%=104.52萬元
總分公司應(yīng)納企業(yè)所得稅總額=142.5萬元+22.79萬元+104.52萬元=269.81萬元
4、第二次分配應(yīng)納企業(yè)所得稅：
甲公司總機構(gòu)分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%=134.90萬元
A分公司分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%×0.266547619=35.96萬元
B分公司分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%×0.733452381=98.95萬元
總分公司第一次分配后的各總分機構(gòu)企業(yè)所得稅和第二次分配后的各總分機構(gòu)企業(yè)所得稅進行比較：
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公 司
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第一次應(yīng)分配的所得稅
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第二次應(yīng)分配的企業(yè)所得稅
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第一次與第二次分配企業(yè)所得稅比較
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甲公司總機構(gòu)
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142.5
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134.9
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7.6
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A分公司
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22.79
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35.96
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-13.17
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B分公司
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104.52
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98.95
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5.57
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總 計
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269.81
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269.81
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0.00
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從上表可知，經(jīng)第二次分配后，稅率高的甲公司總機構(gòu)和B分公司的企業(yè)所得稅分別減少了7.6萬元和5.57萬元，合計減少了13.17萬元，而稅率低的A分公司的企業(yè)所得稅反而增加了13.17萬元，但應(yīng)交納的企業(yè)所得稅總額沒有變化。
