總公司和分公司分別位于不同的省，且總公司和分公司的企業(yè)所得稅稅率不同，怎么匯總繳納企業(yè)所得稅呢？
國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告（國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào)）第十八條規(guī)定，對(duì)于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計(jì)算的分?jǐn)偙壤?，?jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額后加總計(jì)算出匯總納稅企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額，最后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計(jì)算的分?jǐn)偙壤?，向總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偩偷乩U納的企業(yè)所得稅款。
國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào)第六條和第十五條規(guī)定如下：
第六條 匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計(jì)算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)?，各分支機(jī)構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫(kù)或退庫(kù)；50%由總機(jī)構(gòu)分?jǐn)偫U納，其中25%就地辦理繳庫(kù)或退庫(kù)，25%就地全額繳入中央國(guó)庫(kù)或退庫(kù)。具體的稅款繳庫(kù)或退庫(kù)程序按照財(cái)預(yù)[2012]40號(hào)文件第五條等相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
第十五條 總機(jī)構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機(jī)構(gòu)的營(yíng)業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個(gè)因素計(jì)算各分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚惪畹谋壤蝗?jí)及以下分支機(jī)構(gòu)，其營(yíng)業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計(jì)入二級(jí)分支機(jī)構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。
計(jì)算公式如下：
某分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偙壤?（該分支機(jī)構(gòu)營(yíng)業(yè)收入／各分支機(jī)構(gòu)營(yíng)業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機(jī)構(gòu)職工薪酬／各分支機(jī)構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30
分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偙壤瓷鲜龇椒ㄒ唤?jīng)確定后，除出現(xiàn)本辦法第五條第（四）項(xiàng)和第十六條第二、三款情形外，當(dāng)年不作調(diào)整。
根據(jù)上述規(guī)定，跨省的總分公司企業(yè)所得稅稅率不同，匯總納稅時(shí)需要進(jìn)行二次分配，為了易于理解具體如何二次分配，下面我們舉例說(shuō)明：
甲公司在北京注冊(cè)成立，分公司A在拉薩注冊(cè)成立，分公司B公司在山東青島注冊(cè)成立，甲公司總機(jī)構(gòu)和分公司B的企業(yè)所得稅稅率為25%，分公司A的企業(yè)所得稅執(zhí)行西部大開發(fā)優(yōu)惠稅率15%；2017年分公司A的營(yíng)業(yè)收入為1000萬(wàn)、職工薪酬為80萬(wàn)和資產(chǎn)總額2000萬(wàn)；2017年分公司B的營(yíng)業(yè)收入為3000萬(wàn)、職工薪酬為220萬(wàn)和資產(chǎn)總額5000萬(wàn)；
2018年二季度：
分公司A的利潤(rùn)總額為40萬(wàn)元；分公司B的利潤(rùn)總額為100萬(wàn)元，甲公司的利潤(rùn)總額為1000萬(wàn)元。
總分公司二季度預(yù)繳企業(yè)所得稅的計(jì)算如下：
1、分公司的分?jǐn)偙壤?
分公司A的分?jǐn)偙壤?（分公司A營(yíng)業(yè)收入／各分支機(jī)構(gòu)營(yíng)業(yè)收入之和）×0.35+（分公司A職工薪酬／各分支機(jī)構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（分公司A資產(chǎn)總額／各分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30=[1000/（1000+3000）×0.35+80/（80+220）×0.35+（2000／（2000+5000）×0.30]=0.266547619
分公司B的分?jǐn)偙壤?（分公司B營(yíng)業(yè)收入／各分支機(jī)構(gòu)營(yíng)業(yè)收入之和）×0.35+（分公司B職工薪酬／各分支機(jī)構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（分公司B資產(chǎn)總額／各分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30=[3000/（1000+3000）×0.35+220/（80+220）×0.35+（5000／（2000+5000）×0.30]=0.733452381
注：國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報(bào)表（A類，2018年版）》等報(bào)表的公告（國(guó)家稅務(wù)總局公告2018年第26號(hào)）附件A202000《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表》填報(bào)說(shuō)明規(guī)定：“分配比例”（即分?jǐn)偙壤┨顖?bào)分配比例應(yīng)保留小數(shù)點(diǎn)后十位。
2、第一次分配應(yīng)納稅所得額：
甲公司匯總總分公司應(yīng)納稅所得額：1000+100+40=1140萬(wàn)元
甲公司總機(jī)構(gòu)分配的應(yīng)納所得額=1140×50%=570萬(wàn)元
A分公司分配的應(yīng)納所得額=1140×50%×0.266547619=151.93萬(wàn)元
B分公司分配的應(yīng)納所得額=1140×50%×0.733452381=418.07萬(wàn)元
3、計(jì)算總分公司的應(yīng)納企業(yè)所得稅：
甲公司總機(jī)構(gòu)分配的企業(yè)所得稅=570萬(wàn)元×25%=142.5萬(wàn)元
A分公司分配的企業(yè)所得稅=151.93萬(wàn)元×15%=22.79萬(wàn)元
B分公司分配的企業(yè)所得稅=418.07萬(wàn)元×25%=104.52萬(wàn)元
總分公司應(yīng)納企業(yè)所得稅總額=142.5萬(wàn)元+22.79萬(wàn)元+104.52萬(wàn)元=269.81萬(wàn)元
4、第二次分配應(yīng)納企業(yè)所得稅：
甲公司總機(jī)構(gòu)分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%=134.90萬(wàn)元
A分公司分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%×0.266547619=35.96萬(wàn)元
B分公司分配的應(yīng)納企業(yè)所得稅=269.81×50%×0.733452381=98.95萬(wàn)元
總分公司第一次分配后的各總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅和第二次分配后的各總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅進(jìn)行比較：
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公 司
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第一次應(yīng)分配的所得稅
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第二次應(yīng)分配的企業(yè)所得稅
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第一次與第二次分配企業(yè)所得稅比較
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甲公司總機(jī)構(gòu)
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142.5
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134.9
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7.6
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A分公司
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22.79
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35.96
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-13.17
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B分公司
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104.52
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98.95
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5.57
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總 計(jì)
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269.81
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269.81
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0.00
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從上表可知，經(jīng)第二次分配后，稅率高的甲公司總機(jī)構(gòu)和B分公司的企業(yè)所得稅分別減少了7.6萬(wàn)元和5.57萬(wàn)元，合計(jì)減少了13.17萬(wàn)元，而稅率低的A分公司的企業(yè)所得稅反而增加了13.17萬(wàn)元，但應(yīng)交納的企業(yè)所得稅總額沒有變化。
